Geenimuokkauksen pituus perinteisellä tekniikalla on enimmäkseen alle 5 kb, ja mitä pidempi muokattu fragmentti, sitä pienempi onnistumisprosentti.Lisäksi pitkän fragmentin knock-in/knock-out -hiirimallin rakentamiseksi perinteisillä tekniikoilla kimeerisiä hiiriä on kasvatettava ja seulottava 2-3 sukupolven ajan kohdehiirten saamiseksi, ja koko prosessi kestää yli 10 12 kuukautta.
Pitkän fragmentin geenieditoinnin edut piilevät sen kyvyssä voittaa tietyt perinteisten geenien muokkausmenetelmien rajoitukset.
